Leonardo all'età di trent'anni offre il suo multiforme ingegno al Duca, di cui conquista il favore. Nel fervore di rinnovamento della chiesa, ottiene la commissione della "Cena", che relizzerà con molta lentezza, fra il 1494 e il 1498.
IL CAPOLAVORO DI LEONARDO UNIVERSALMENTE AMMIRATO
Incassato fra le due lunghe pareti laterali, il dipinto murale (non é un affresco) è il completamento spaziale dell'ambiente per effetto di profondità, ottenuto con la prospettiva centrale.
Il soffitto a cassettoni e gli arazzi appesi alle pareti, che concorrono ad un punto di fuga dietro alla testa del Cristo, ne aumentano l'illusione perfetta, accentuata ancora dalle tre finestre sullo sfondo, che si aprono su un paesaggio atmosferico e luminoso. Con questo ambiente geometrico e statico contrasta il primo piano,parallelo all'osservatore,dove é posta la lunga tavola imbandita, alla quale siedono, in gruppi dinamici, gli apostoli.
Essi sono animati da una forte tensione emotiva, intorno a Gesù che, isolato al centro, pronuncia le parole fatali:"Qualcuno di voi mi tradirà". Parole che si ripercuotono come un'onda sonora di figura un figura, determinando quell'espressività dei volti che, da Leonardo in poi, avrà la funzione di esprimere le emozioni più profonde.
Indagatore dell'animo, l'artista ha rappresentato nelle immagini degli apostoli i vari temperamenti e caratteri umani,espressi attraverso la gestualità. Questo celebre dipinto-purtroppo estremamente deteriorato-fu il punto di riferimento per i pittori del suo tempo e delle generazioni che seguirono.

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UN EVIDENTE CONTRASTO: LA TRADIZIONE E IL NUOVO
Sulla parete di fronte all'Ultima Cena di Leonardo, all'altro estremo della sala del Refettorio, é dipinta la Crocefissione di DONATO da MONTORFANO, firmata e datata 1495. Questo affresco é l'antitesi dell'opera del genio di Vinci; il confronto é fra la "vecchia maniera"come scrisse il Vasari,e i nuovi mezzi espressivi, come il chiaroscuro morbido che modella le figure,e una sensibilità diversa nel rappresentare l'uomo, di Leonardo. Nell'opera del Montorfano prevalgono il disegno,il contorno preciso ,un modellato più da bassorilievo che da pittura,e un sovraccarico di figure attorno alla Croce. Sullo sfondo,tra le quinte rocciose del paesaggio,é raffigurata Gerusalemme con una mescolanza di stili che ricordano i nuovi edifici del Filarete e del Bramante, che si stavano costruendo in Milano. Il gruppo dei soldati romani ,con i loro alti gonfaloni,è direttamente ispirato alle opere del Mantegna e alla riscoperta antiquaria dell'antichità classica. Ai piedi delle croci,Santi e Sante ,fra cui S.Domenico fondatore dell'Ordine, presentano al Salvatore la famiglia ducale: Ludovico e suo figlio Massimiliano inginocchiati(a sinistra),Beatrice d'Este con il piccolo Francesco ancora in fasce (a destra). Oggi, queste figure dei donatori attribuite dal Vasari a Leonardo,che stava dipingendo sulla parete opposta,sono molto deteriorate,quasi illeggibili.